伤寒的潜伏期为3～35天，一般为5天～14天，典型的伤寒临床分四期经过：
1.初期：起病缓慢、有畏寒、全身不适、乏力、食欲减退、腹胀、腹泻或便秘等症状，体温呈梯形上升，于一周内达39～41℃。
2.极期：病程第二周，伤寒典型症状相继出现。
（1）发热：高热持续不退，稽留在40℃左右，少数为弛张热或不规则热，持续10～14天。
（2）神经系统中毒症状：表情淡漠、反应迟钝、听力减退、耳鸣，严重者出现震颤、谵妄、精神错乱、昏迷、虚性脑炎等。
（3）相对缓脉：为本期的特点之一，偶见重脉，但儿童及伴有心脏损害者，此特点不明显。
（4）玫瑰疹：发病第6天～10天，部分病人在胸、腹及背部皮肤分批出现淡红色斑丘疹，直径2毫米～4毫米，压之退色，一般不超过10个，多在第2～3天消退。
（5）脾肝肿大：于病程第6天起有60％～80％的患者出现脾肝肿大，30％～40％的患者伴有肝肿大，常超不过肋缘下2厘米，质软，有轻度压痛，少数病人有黄疽和谷丙转氨酶升高，称为“伤寒肝炎”。
（6）消化系统症状：食欲减退，舌苔厚腻，舌尖及舌缘质红而无苔，称为“伤寒舌”。部分患者在病重期间，由于低钾血症或中毒性肠麻痹，而致腹胀，腹泻或便秘，由于回盲部病变集中，使右下腹常有压痛等。
3.缓解期：病程第3～4周，症状消失，体温弛张形下降，患者消瘦虚弱，此期易出现各种并发症。
4.恢复期：病程第4～5周，患者临床症状消失，体温恢复正常，食欲明显增加，1个月左右完全恢复。
伤寒常见的并发症有肠出血，肠穿孔，伤寒性肝炎、心肌炎、肾炎、溶血-尿毒综合征等。
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