草鱼出血性肠炎与细菌性肠炎病发病初期两者外观症状极为相似，病鱼体色发黑，体表轻微充血或出血，离群独游，游动缓慢，食欲减退，打开腹腔可见肠壁充血。草鱼出血性肠炎肠壁弹性较好，肠腔内黏液较少，镜检可见肠腔内有大量红细胞及成片脱落的上皮细胞，细菌性肠炎肠壁弹性较差，肠腔内黏液较多，镜检肠腔内红细胞较少，有部分坏死脱落的上皮细胞。防治草鱼出血性肠炎，每立方米用二氧化氯0.3克加水全池泼洒，隔天再使用1次，同时每100公斤鱼每天用大黄、黄芩、黄柏和板蓝根各0.5公斤，再加0.5公斤食盐拌饲料投喂，连喂7天。草鱼细菌性肠炎，每立方米水体用1克漂白粉或0.3克优氯净加水全池泼洒，同时每100公斤鱼用大蒜素0.5～1克拌入10公斤精料中投喂，每天1次，连续投喂3天。
鳃霉病、细菌性烂鳃病与寄生虫性烂鳃病3种病外观相似，病鱼体色发黑，尤以头部为甚，鳃上黏液增多，鳃丝肿胀，严重时鳃丝末端缺损，软骨外露。发病晚期3种病极易区别，鳃盖内表皮组织发炎充血，中间腐烂，有“开天窗”现象，鳃丝腐烂发白带黄色，尖端软骨外露，并黏有污泥或黏液为细菌性烂鳃病。镜检若寄生虫数量多，则为寄生虫性烂鳃病，若鳃丝末端挂着似蝇蛆一样的白色小虫，常为中华鱼蚤病；鳃部分泌大量黏液则可能是隐鞭虫、口丝虫、车轮虫、斜管虫、三代虫或指环虫病。鳃色发白并略带红色小点，则是鳃霉病，镜检可见病原体菌丝进入鳃小片组织或血管和软骨中生长。
细菌性白头白嘴病与车轮虫病前者病鱼体色发黑，漂浮在岸边，头顶和嘴周围发白，甚至腐烂，且常发生于鱼苗期和夏花阶段；后者鱼体大部分或全身发白。防治细菌性白头白嘴病时，每立方米水体用五倍子2～4克浸泡30分钟后全池泼洒；或每立方米水体用大黄2．5克放入20倍的0.3%的氨水中浸泡过夜，然后将汁液全池泼洒。防治车轮虫病时，每立方米水体用硫酸铜和硫酸亚铁合剂0.7克兑水全池泼洒。
竖鳞病与鱼波豆虫病竖鳞病的鱼体表粗糙，鱼体鳞片竖立，鳞囊内积有半透明液体，严重时全身鳞片竖立，有时伴有体表充血，鳍基充血。后者发病是因大量鱼波豆虫寄生在鳞囊内而引起的竖鳞症状，需用显微镜检查鳞囊液才可区别。防治竖鳞病时，每亩水面用艾蒿根5公斤、生石灰1.5公斤，调匀后兑水全池泼洒。防治鱼波豆虫病，冬季水温2～8℃时，每立方米水体用硫酸铜和高锰酸钾合剂0.3～0.4克兑水全池泼洒。
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